穗莞深城际铁路将成为广州、深圳和东莞区域的第一条城际轨道交通线路，缓解交通大动脉不足的困境。在正式开通后，穗莞深城际轨道将实现公交化运营方式，6节车厢可乘坐约1200人的小编组列车，高峰时段每隔大约5分钟发出一趟，密度和市内的地铁相当。对于市民来说，坐城际轨道列车可以在中心站点实现零距离就近换乘，转至市内公交网络抵达目的地。